Ursprünglich wurde der Ökumenische Diakonieverein 1954 als Evangelischer Diakonieverein gegründet. Allerdings reichen seine Wurzeln noch länger zurück, nämlich bis auf den 1093 gegründeten „Evangelischen Johannis-Zweigverein“.
Das ursprüngliche Tätigkeitsfeld des Vereins war der Betrieb einer Gemeinde-Diakonie-Station. Diese bestand aus einer Gemeindeschwester, welche sich um die Krankenpflege im Dorf kümmerte. Die Gemeindeschwester gehörte einem Diakonissen-Verband an. Die Situation änderte sich radikal im Jahr 1981, als die letzte Diakonisse in den Ruhestand ging. Die Ära der Diakonissen war vorbei, es gab keinen Nachwuchs mehr. Mit einer großen Mitgliederwerbungskampagne versuchte der Verein die ökonomische Basis zu schaffen, um eine eigene Sozialstation mit „weltlichen“ Schwestern betreiben zu können, musste das Projekt jedoch abbrechen, da die Finanzierung nicht gesichert werden konnte. Nun übernahm die Caritas-Sozialstation aus dem benachbarten Miltenberg die Pflegedienste in Kleinheubach und der Diakonieverein wurde dort Förder-Mitglied. Damit verbunden ist die ökumenische Öffnung des Vereins. Viele katholische Mitglieder traten dem bis dahin rein evangelischen Verein bei, der katholische Pfarrer wurde zum zweiten Vorsitzenden gewählt. Der Evangelische Diakonieverein entwickelte sich so zu einem ökumenischen Förderverein für die Caritas-Sozialstation Miltenberg.
Die letzten Jahrzehnte des 20. Jahrhunderts brachten große Umwälzungen im Bereich des Pflegesystems mit sich. Der Evangelische Diakonieverein entwickelte daraufhin neue Angebote: Seit 1986 gibt es den Hilfsmittel-Verleih und seit 2001 die Nachbarschaftshilfe „1 Stunde Zeit füreinander“.
Ab 2012 entwickelte der Diakonieverein ein neues Konzept: Der Verein zog sich aus der Förderung der Caritas-Sozialstation zurück, stattdessen sollte das Kleinheubacher Spendenparlament das zentrale Standbein des Vereins werden. Gleichzeitig sollte die Ökumenische Ausrichtung des Vereins, die de facto schon seit Jahrzehnten den Verein prägte, sich auch in der Satzung niederschlagen.
2016 wurde der Verein mit einer neuen Satzung offiziell in Ökumenischer Diakonieverein Kleinheubach umbenannt. Im Jahr 2017 tagte dann zum ersten Mal das Kleinheubacher Spendenparlament, das sich seither einer regen Beteiligung erfreut.